중국의 삼국지에 부여와 변한에서 오곡(五穀)이 난다고 기록된 이후 고려시대에 향약구급방(鄕藥救急方)과 조선의 세종대에서 『향약집성방(鄕藥集成方)』 그리고 그 후 『동의보감(東醫寶鑑)』과 『물보(物譜)』, 『물명고(物名攷)』와 『자산어보(玆山魚譜)』 등이 나옴으로써 한국 나름의 자연학 전통이 세워졌다. 그러나 분류상 나름대로의 체계를 볼 수 없을 뿐 아니라 린네의 이명법이 적용된 흔적도 찾아볼 수 없다. 다윈은 1859년에 출판한 『종의 기원』에서 생물은 변이와 자연선택을 통해 신종을 만든다고 주장함으로써 종분화(種分化)의 진화적 개념을 확립하였다. 그러나 이러한 개념은 신의 섭리와 질서를 찾아내 생물을 배열한다는 린네의 분류체계와 상충되었다. 그러나 린네의 분류체계는 그 후 200여 년간 사용되었고 한국인 학자에 의해서는 20세기 초반에야 도입되었다. 20세기 중엽에 헤닉이 모든 분류군은 단계통성(單系統性)이어야 한다고 주장하며 새로운 계통분류학(또는 分枝系統學)을 제안하고 이 주장이 널리 수용되자 린네의 많은 분류군들이 단계통성이 아니고 측계통성이거나 다계통성임이 밝혀졌다. 따라서 이러한 분류군들은 진화적 실재가 되지 못함으로 폐기되어야 한다는 주장이 설득력을 얻어 린네의 분류체계와 이명법은 위기를 맞게 되었다. 2004년에는 '국제 분지계통학적 명명학회'가 결성되어 새로운 명명법인 "Phylocode"가 등장하였으며 현재 개선작업이 활발히 진행되고 있다. 모든 분류학자들은 이에 대해 합리적으로 판단하여 대비해야 할 것으로 본다.